Färg

Verknings-sätt

Inköpsställe

Känslighet

Cirkapris (untan moms)

Kommentarer

Azure A

Thiazin färg.

Binder med jonbindningar till DNA och RNA.

Flera försäljare t. ex., Sigma-Aldrich

Kat. Nr. A6270

Kan också köpas som en lösning från NCBE.

Något bättre än metylen-blått, men med mycket mindre.

Pulver: 260:- för 10 g.

Från NCBE: k 50 ml av en 2x koncentrerad lösning kostar ca 110:-

Färgar DNA och RNA.

Omkring 1/3 av priset för Azure B!

NCBE rekommenderar att man använder 0.04% (w/v) i 20% etanol och färgar gelen efter att den körts.

Avfärging är inte nödvändigt.

Bleknar vid starkt solljus. Geler kan hålla färg under flera månader om de förvaras mörkt.

BlueView (TM)

Patenterad produkt, som består av pulver att lösas i en TBE eller TAE buffert, som också finns med som 10x koncentrat.

Sigma-Aldrich

Kat. Nr. T8935 (TBE buffert)
Kat. Nr. T9060 (TAE buffert)

Tillverkaren påstår sig kunna upptäcka <250 ng DNA, vilket inte är så fantastiskt! Vi kunde upptäcka 40 ng DNA.

760:- för 1 l av 10x koncentrat.

Används både i gelen och i bufferten.

Skall förvaras i en glasflaska, eftersom plast lyfter bort färgen.

Färgar inte RNA.

Denna produkt består troligen av Nilblåsulfat.

CarolinaBLU (TM)

Patenterad produkt, som består av två flaskor med två koncentrationer, som skall sättas till gelen resp. bufferten och för färgning av gelen efter elektro-foresen, säljes tillsammans.

Carolina Biological.

Kat. Nr. WW-21-7300

Likande metylen-blått, men med mycket mindre bakgrunds-färgning.

USD 6.90för 30 ml gel och koncentrerad elektrofores buffert plus 250 ml gelfärg-lösning.

Omkring 120 ml av koncentratet behövs för 30 ml agaros.

Försäljaren rekommenderar att man använder en låg koncentration av färgen i gelen och bufferten (färgen syns då mycket svagt) och efter elektroforesen färgar med en högre koncentration.

Methylene blue (trihydrate)

Thiazin färg.

Binder med jonbindningar till DNA och RNA.

Flera försäljare t. ex., Sigma-Aldrich

Inte särskilt känsligt. Med tur kan man få 40 ng DNA att synas efter avfärgning, men vanligen behövs åtminstone 80-100 ng för att klara band skall synas.

270:- för 25 g.

Vanligen rekommenderas 0.025% (w/v) i vatten.

Binder med jonbindningar till DNA och RNA.

Kan användas till både DNA och RNA.

Fordrar långvarig avfärgning (över en natt) med en liten volym varmt kranvatten för att ta bort bakgrundsfärgning. Alltför mycket avfärgning kan emellertid avfärga banden helt.

Bleks i solljus och vid oxidation.

Nile blue sulphate

Verkningssätt ovisst, men trolig interkalering i DNA spiralen.

Flera försäljare t. ex., Sigma-Aldrich

Kat. Nr. N5632

Ca 40 ng, som man kan se under tiden gelen körs. Om gelen får torka skall man kunna se 4 ng, men detta har vi inte sett.

355:- för 25 g.

Går också under namnet Nile blue A.

Används både i gelen och i elektrofores- bufferten. 1-3 mg per ml buffert rekommenderas. Koncentrationer > 3 mg per ml minskar vandring- shastigheten på DNA betydande och därmed upplös- ningen på gelen.

Färgar endast DNA.

Anses ej giftig.

Brilliant cresyl blue

Thiazin färg.

Binder med jonbindningar till DNA och RNA.

Flera försäljare t. ex., Sigma-Aldrich

Kat. Nr. B2002

Omkring 40 ng i våra försök. Se 'Komm- entarer'.

600:- för 25 g.

Använd 0.04% (w/v) i 20% etanol för färgning av gel efter elektrofores.

 

Santillán Torres och Ponce-Noyoia säger att 25 ng DNA kan upptäckas med denna färg. Vi var emellertid besvikna över en betydligt lägre känslighet samt kraftig bakgrunds- färgning.

 

En 40 år gammal färg gav emellertid betydligt bättre resultat. Resultatet berodde troligen på en oxidationsprodukt i brilliant cresyl blue.

Crystal violet

Interkalerar i DNA spiralen.

Flera försäljare t. ex., Sigma-Aldrich

Kat. Nr. C3886

>=100 ng.

250:- för 25 g.

Mutagen.

Inte värd att användas om det inte finns speciella skäl. Mindre känslig än många andra säkrare färger.